Vamos a ver, que dijo un ciego, los carburadores de las dos motos son iguales, solo varía el diámetro del difusor 39 y 41, pero eso no es el problema según cuentas, así, que vamos a ver.
Las Ktm, vienen limitadas de fabrica, hay que quitarle la tapa del filtro de aire, (puede que por tenerla puesta se ahogue), quitarle el tope del acelerador y cambiar aguja por otra que traen, y por supuesto quitar el tope del escape, es decir el tapón trasero del mismo, que seria otra causa mas para que se ahogara; Una vez hecho esto carburar
Si has seguido todos lo pasos correctamente, lo siguiente, mira válvulas, un incorrecto reglaje por error de fabrica, podría suponer ahogos, dificultad en arrancar, y mala o nula carburación
Si estas están bien, comprobar la bomba de aceleración del carburador, su apertura y cierre, así como el diámetro de los difusores del carburador, por si por error estuviesen cambiados.
Si todo esto esta bien, PIDE QUE TE CAMBIEN LA MOTO, que para eso tenemos GARANTÍA
Saludos